Пандемія: Спадщина — це кооперативна кампанійна гра зі спільною сюжетною лінією, розрахована на 12–24 ігрові сесії, залежно від того, наскільки успішно ваша група справляється з викликами. На початку гра багато в чому схожа на базову «Пандемію»: команда фахівців із боротьби з хворобами наввипередки з часом подорожує світом, ліквідуючи осередки зараження та досліджуючи ліки від чотирьох хвороб, перш ніж ситуація вийде з-під контролю.
У свій хід гравець може виконати до чотирьох дій: пересуватися світом різними способами (іноді скидаючи карти), будувати об’єкти, зокрема дослідницькі станції, лікувати хвороби (прибираючи один кубик із поля; якщо всі кубики одного кольору видалені, хвороба вважається викоріненою), обмінюватися картами з іншими гравцями або відкривати ліки (для цього потрібно скинути п’ять карт одного кольору, перебуваючи на дослідницькій станції). Кожен персонаж має унікальну роль зі спеціальними здібностями, які допомагають у виконанні цих дій.
Після виконання дій гравець бере дві карти. Серед них можуть траплятися карти епідемій, які додають нові кубики хвороб на поле та можуть спричиняти спалахи, що поширюють зараження ще далі. Спалахи також підвищують рівень паніки в місті, роблячи пересування до нього більш витратним.
Кожного ігрового місяця у вас є дві спроби виконати цілі цього місяця. У разі успіху ви перемагаєте та одразу переходите до наступного місяця. Якщо спроба не вдалася, ви отримуєте другий шанс, але з додатковим фінансуванням, що дозволяє використовувати більше корисних карт подій.
Упродовж кампанії до гри вводяться нові правила та компоненти. Іноді вони вимагають назавжди змінити елементи гри: робити написи на картах, рвати карти або наклеювати постійні наліпки на компоненти. Персонажі можуть набувати нових навичок або, навпаки, отримувати негативні ефекти. Ба більше, персонаж може бути втрачений назавжди — і тоді він більше не буде доступний для гри.