Пандемия Наследие — это кооперативная кампанийная игра с общей сюжетной линией, рассчитанная на 12–24 игровых сессии в зависимости от того, насколько успешно ваша группа справляется с игрой. В начале игра во многом похожа на базовый Пандемия: команда специалистов по борьбе с болезнями наперегонки со временем путешествует по миру, устраняя очаги заражения и исследуя лекарства от четырёх болезней, прежде чем ситуация выйдет из-под контроля.
В свой ход игрок может выполнить до четырёх действий: перемещаться по миру различными способами (иногда сбрасывая карты), строить объекты, такие как исследовательские станции, лечить болезни (убирая один кубик с поля; если все кубики одного цвета удалены, болезнь считается искоренённой), обмениваться картами с другими игроками или находить лекарство (для этого нужно сбросить пять карт одного цвета, находясь на исследовательской станции). Каждый персонаж обладает уникальной ролью со специальными способностями, помогающими в выполнении этих действий.
После выполнения действий игрок берёт две карты. Среди них могут быть карты эпидемий, которые добавляют новые кубики болезней на поле и могут вызвать вспышки, распространяющие заражение ещё дальше. Вспышки также повышают уровень паники в городе, делая перемещение в него более затратным.
Каждый игровой месяц у вас есть две попытки выполнить цели этого месяца. В случае успеха вы побеждаете и сразу переходите к следующему месяцу. Если попытка не удалась, вы получаете второй шанс, но с дополнительным финансированием, позволяющим использовать больше полезных карт событий.
По ходу кампании в игру вводятся новые правила и компоненты. Иногда они требуют навсегда изменить элементы игры: делать надписи на картах, разрывать карты или наклеивать постоянные стикеры на компоненты. Персонажи могут приобретать новые навыки или, наоборот, получать негативные эффекты. Более того, персонаж может быть утерян навсегда — и тогда он больше не будет доступен для игры.